Dengan peninggalan sejarah yang begitu banyak, Masjid ini ditetapkan menjadi cagar budaya oleh Provinsi Jawa Timur pada 29 Februari 2016 berdasarkan Surat Keputusan Nomor 188/148/KPTS/013/2016.
Meskipun demikian, Masjid Besar Yoni Al Mubarok sebaiknya tidak mengurangi tekad generasi muda bersama-sama dengan stakeholder untuk tetap merawat dan melestarikan nilai-nilai yang ada dalam bangunan ini agar nantinya tetap dapat dinikmati oleh anak cucu kita di masa yang akan datang.


